KiCadのゾーンは少し癖があります。

KiCadのPcbNewでゾーンを作成すると、その内側にあるゾーンとショートしてしまうことがあります。 この原因は、ゾーンの優先順位です。同じ優先順位を付けるのではなく、内側の優先順位を高く設定することで、 内側の領域が外側の領域とショートしなくなります。

また、塗りつぶしを実行してから、望み通りになっていない領域ができてしまう場合、 当該領域を切り抜くことができます。これも若干操作に問題があって、バージョン4.0.5では、 「表示」メニューから「描画キャンパスを標準に切り替え(F9)」が選択されていないと切り抜きができません。 標準になっていれば、切り抜きを追加したいゾーンを右クリックして「ゾーン」->「切り抜きを追加」で切り抜き領域を設定できます。 設定後に、外側のゾーンを再度塗りつぶすと、指定領域が切り抜かれます。